要前往六之岛，玩家需先完成主线任务并击败精英四天王获得冠军称号，这是解锁六之岛旅程的必要条件。之后需要获得彩虹通行证，通常在一之岛完成任务后作为奖励获得。持有彩虹通行证后，返回一之岛的港口，与渡船服务员对话选择前往六之岛即可启程。出发前建议准备充足的道具，特别是恢复类物品，并确保队伍中有会冲浪技能的口袋妖怪。
抵达六之岛后首先会来到水道迷宫区域，这里由复杂的水道和小岛组成，需要通过冲浪技能在这些水道中穿梭寻找正确路线。该区域栖息着多种水系口袋妖怪，是捕捉稀有种类的好机会。继续深入岛屿会到达火焰之路，这里充满岩浆和火系口袋妖怪，探索时需小心避开岩浆伤害。火焰之路中藏有特殊道具和珍稀的口袋妖怪。
六之岛的核心区域是古代遗迹，这里保存着古老的文字和符号，解读这些内容可能解锁新的游戏剧情。完成这些解谜可以获得珍贵奖励。岛上还分布着多个训练家，他们的实力较强，建议在挑战前提升队伍等级并做好属性搭配准备。
探索过程中会遇到火箭队成员，按照剧情蓝宝石会被抢走，这时需要返回五之岛仓库击败火箭队夺回宝石。六之岛的最后区域是遗忘岛和鬼怪洞穴，这里栖息着未知图腾等特殊口袋妖怪。完成岛上所有任务后，可以前往水蓝市收服超梦，结束六之岛的冒险旅程。
