部分顶级精灵的捕获需要特定条件和技巧。无人发电厂是刷电系宝可梦的黄金地点，可同时捕获皮卡丘和电击兽，捕获皮卡丘建议使用一血加睡眠状态配合豪华球。雷电球等精灵在发电厂迷宫中有概率出现闪光形态，需保持警惕并熟悉复杂路线以提高效率。幻影塔顶层栖息着以恶作剧之心特性著称的捣蛋小妖，第三层可捕获由基拉的初始形态幼基拉斯，第二层则分布着龙系与地面系结合的圆陆鲨。
流星瀑布深处隐藏着多只准神级精灵，单首龙、黏黏宝、牙牙和迷你龙均在此出没。使用绿岭市获得的厉害钓竿在瀑布最深处垂钓可捕获迷你龙，而宝贝龙和斗龙需掌握攀瀑技能才能抵达洞穴深处。二周目剧情中流星瀑布还会出现多龙，建议提前准备高级球和状态异常技能。武斗镇石之洞窟是捕获铁哑铃的关键地点，完成给大吾送信任务后还能遇到凯西、岩狗狗及路卡利欧等稀有精灵。
月见山深处存在化石二选一机制，左侧化石可复活为镰刀盔，右侧则对应菊石兽。这两种化石精灵在后期进化后均有不俗战力，选择时需考虑队伍属性搭配。野生原野区需支付500元门票进入，内部栖息着嘟嘟、袋兽等特殊精灵，最深处水域可钓到迷你龙但培养价值有限。注意原野区步数限制，优先捕捉所需精灵后再探索隐藏区域。
后期岛屿探索中，第七岛训练塔聚集着高强度训练师，击败后能快速提升精灵等级。红岛右侧子岛栖息着急冻鸟，需先用怪力技能推动岩石疏通水道才能抵达。绿岭市道馆右上方藏有第六家道馆，挑战前需完成水舰队剧情并穿越124号航道。圣安奴号游轮事件后获得的居合斩技能是开启多地区探索的关键，需尽早让精灵学习。
